航空運輸系明確“依托行業、教學設計一體化、培養以能力本位的民航運輸人才”的建設理念，即：加強學生人文素質、專業知識、綜合技能、職業素養的培養，以能力為本強化專業技能和語言、氣質的訓練與職業造型的培訓，打造服務意識強、特色鮮明的品牌專業。開設的專業有民航運輸、航空物流、民航電子商務，以及民航運輸、航空物流兩個中高職貫通專業。

航空運輸系下設有航空商務教研室、航空物流教研室、運輸實訓教研室和學生工作辦公室，擁有一支素質優良的“雙師型”師資隊伍，現有教職工43人。共有專職教師26人，年齡結構合理，其中副教授6人，高級工程師2人，講師15人，助理講師3人。航空運輸系80%教師擁有“雙師型”證書，並且有在民航各個崗位實踐的經驗，具有較高的理論和實踐水平。多位教師具有民航局職業技能考評員的資質；12位教師擁有中國航協銷售代理培訓教員資質；4位教師擁有國際航協培訓教員資質；6位教師擁有民航局運輸司危險品培訓教員資質。

航空運輸系十分重視學生能力的培養，註重實踐性教學，根據民航單位的崗位需求，逐步形成了基本實踐能力與操作技能、專業技術應用能力與專業技能、綜合實踐能力與綜合技能有機結合的教學模式。在教學中積極推行“雙證書製”，即培養的學生畢業時持有畢業證書和多個行業職業資格證書或技能鑒定證書。堅持以行業人才需求引領教學改革，突出培養特色，使專業設置與行業需求無縫對接，人才培養目標與崗位技能要求零距離吻合，充分發揮了民航院校的主體作用。近年來，學校加大實訓室、實訓基地建設力度，投入經費充足。同時，在教委及行業主管部門的大力支持下，建成了上海市職業教育航空服務開放實訓中心，擁有離港系統、訂座系統、貨運單證操作、空港貨物地面處理操作系統等能基本涵蓋本專業的實訓設備。

航空運輸系在辦學理念、辦學規模、人才培養等方面，形成了自身的辦學優勢和特色。在學院整體部署下，大力推進校企深層合作辦學，積極探索、建立起“訂單式”人才培養等校企合作模式，使學校辦學更加依托行業、貼近企業、結合產業。與中國東方航空股份有限公司、中國國際航空股份有限公司、南方航空股份有限公司、上海機場集團、春秋航空公司、吉祥航空公司、東航物流公司等多個單位建立了良好的業務關系。